Az Amnesty International Magyarország Egyesület vezetőségét a szervezet tagsága választja saját soraiból, hogy az a tagság érdekeit képviselje két közgyűlés között. Nálunk ezt a vezetőséget Elnökségnek hívják, a tagjait a Taggyűlés két évre választja meg. Az Elnökség 5-9 tagú, havonta találkozik és döntéseket hoz az egyesületet érintő ügyekben: stratégiát alkot, tervez, meghozza az iroda és az igazgató munkájának támogatásához szükséges döntéseket, költségvetést készít, ösztönzi új csoportok létrehozását, és elismeri az új csoportokat, munkáltatói jogokat gyakorol az egyesület igazgatója felett, részt vesz a nemzetközi mozgalom munkájában, és a döntéseket helyi szinten képviseli, szabályzatokat fogad el, és minderről rendszeresen tájékoztatja a tagságot.

A 2017. augusztus 24-i Rendkívüli Közgyűlésen megválasztásra kerültek az elnökség új tagjai, amelynek jelenleg hat tagja van. Mandátumuk a 2018. évi Közgyűlésig tart.